git管理のディレクトリで、空のディレクトリがコミットされないので、.gitkeepを入れとくと登録されていいのですが
.gitkeepを用意できるコマンド
$ find . -type d -empty -not -path './.git*' -exec touch {}/.gitkeep \;
で空のディレクトリに.gitkeepが用意されます
試す前に
$ find . -type d -empty -not -path './.git*' -exec echo {}/.gitignore \;
とechoで作られるパスを見たら確実です