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Android 6.0 (Marshmallow / マシュマロ)の実機でデバッグしてたらPublicディレクトリに書き込めませんでした
Lolipopだったら問題なかったのに..

調べてみたらAndroid 6からはパーミッションが変わってるからでした

Working with System Permissions | Android Developers
をみて対応した書き方をするかですが、手っ取り早くtarget SDK versionを下げました

build.gradleファイルを開いて

targetSdkVersion 22

に変更
これでコンパイルしなおせば、とりあえず書き込めるようになりました
targetSdkVersion 23がAndroid 6です
正しい対応はもうちょっとAndroid 6 がシェア出てからにします

参考）
Androidアプリで書きだしたファイルがPCで見えない
Android 6(M) permission issue (create directory not working) – Stack Overflow

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Androidアプリを作っていて、データをファイルに保存、USBでAndroidをつないでファイルを取り出そうとすると..ない
で困ったのでメモ

Android端末は Nexus 5 (Lolipop) と Nexus 5x (Marshmallow) を使いました
PCはWindows 7とUbuntu 14.4
Android端末でデバッグしてます

ファイルを書きだしたソースコードはこんな感じ

File file = Environment.getExternalStoragePublicDirectory(Environment.DIRECTORY_DOCUMENTS);
fw = new FileWriter(file, true);
fw.write("sample");
fw.close();

マニフェストにパーミッションを追加

<manifest xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
    package="sample">
    <uses-permission android:name="android.permission.WRITE_EXTERNAL_STORAGE" />
    <application>
        ・・・・
    </application>
</manifest>

External StrorageのDocumentsディレクトリを指定、ここに保存したらどこからでも見れるはず
Android端末でアプリを使って見てみるとちゃんと保存されてますが、
PCへUSBでつないで見ると見当たりません

MediaScannerConnectionを使ってやると見えるようになるようで、変更

File file = Environment.getExternalStoragePublicDirectory(Environment.DIRECTORY_DOCUMENTS);
MediaScannerConnection.scanFile(this, new String[]{file.getAbsolutePath()}, null, null);
fw = new FileWriter(file, true);
fw.write("sample");
fw.close();

これで見えるようになりました！

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