sshを使ってやるのがいいと思います
vagrant内のmysqlは外からつながるようにしておいて
workbenchの設定はこんな感じ
Connection Method: Standard TCP/IP over SSH
SSH Hostnam : 127.0.0.1:2222
SSH username : vagrant
MySQL Hostn : 127.0.0.1
MySQL Server : 3306
Username : user
ユーザーとパスワードは環境に合わせてください
Workbenchでつなぐときに
known_hostsを消せ、とかエラーが出たら
$ ssh-keygen -R [127.0.0.1]:2222
で回避できます