ひさしぶりにEC-CUBEをさわろうと
http://(EC-CUBEサーバーアドレス)/admin
にアクセス、ユーザー、パスワードを忘れた時
PHPをいじって、無条件に入れるようにしました
※本番環境では危険です

手元にあった、EC-CUBE 2.12.3でためしました

data/class/pages/admin/LC_Page_Admin_Index.php　85行目
if (SC_Utils_Ex::isBlank($this->arrErr))
↓
if (! SC_Utils_Ex::isBlank($this->arrErr))
としたら、なんでもログインできるようになります

function action() {
    // パラメーター管理クラス
    $objFormParam = new SC_FormParam_Ex();

    switch ($this->getMode()) {
        case 'login':
            //ログイン処理
            $this->lfInitParam($objFormParam);
            $objFormParam->setParam($_POST);
            $this->arrErr = $this->lfCheckError($objFormParam);
            if (! SC_Utils_Ex::isBlank($this->arrErr)) { //　ここを反転した
                $this->lfDoLogin($objFormParam->getValue('login_id'));

                SC_Response_Ex::sendRedirect(ADMIN_HOME_URLPATH);
            } else {
                // ブルートフォースアタック対策
                // ログイン失敗時に遅延させる
                sleep(LOGIN_RETRY_INTERVAL);

                SC_Utils_Ex::sfDispError(LOGIN_ERROR);
            }   
            break;
        default:
            break;
    }   
}

ログインできたら、パスワードを変更してPHPを元に戻したらいいですね

EC-CUBEで安全にモジュールやプラグインを入れるためメンテナンス中表示にしたかったですが標準ではついてません

メンテナンスページ作って.htaccessとかで飛ばしてもよかったですがプラグインがあったので入れてみました
http://www.ec-cube.net/products/detail.php?
product_id=281

OSはUbuntu 12.04
データベースはMySQL 5.5.38
EC-CUBEは2.12.3
プラグインは1.0.3
で試しました

EC-CUBEのオーナーズストアにログインしてダウンロードします
自分のEC-CUBEの管理者画面へログイン、
オーナーズストア＞プラグイン管理、でダウンロードしたtar.gzをインストール、
有効、にチェックを入れておきます

するとメニューが基本情報管理＞メンテナンス管理、のメニューが増えます
クリックするとシステムエラー発生

ログを見るとデータベースのテーブル名が違う..テーブルは小文字だけなのにプログラムは大文字が混じってる..
プログラムを変更してみました

# vim data/downloads/plugin/SiteMaintenance/admin/basis/plg_SiteMaintenance_LC_Page_Admin_Basis_Maintenance.php

70行めの括弧のなかをすべて小文字に

$this->arrMainte = $masterData->getMasterData("plg_sitemaintenance_mtb_maintenance");

再度、画面にアクセス
※最初、メンテナンス中になってました

サイトにアクセスすると

こんな感じでメンテナンス中になります

管理画面で、通常営業中にすると元通りでした
やっつけですが参考まで