パスワードなどgit管理したくないものをパラメータ化して渡してみました
Nginx + php-fpm だと迷ったのでメモ
あたりを見ると、プール設定ファイルにかけばいいとあります
探して編集
$ vim /etc/php5/fpm/pool.d/www.conf
clear_env = no
env[SAMPLE_PARAM] = "123456"
clear_envをオフにしてパラメータをセットしてみて
getenv('SAMPLE_PARAM');
とphpで値が取れるようになりました