Webサイトを一からリニューアル、元のコードの履歴とマージしたかったのでやってみました
元のコードで、新しいサイトのコードのディレクトリをセットします
$ git remote add new ../newsite-code
remoteにnewという名前で、新しいサイトのコードの場所を指定しました
fetchしてmergeします
$ git fetch new
$ git merge new/master --allow-unrelated-histories
Git 2.9からは –allow-unrelated-histories が必要になりました
あとは地道にconflictを解消していけば、履歴がつながります